Perbedaan aksonema dengan pola mikrotubula yang ditemukan pada badan basal dan sentriol

Berkas mikrotubula pada silia (atau flagela) disebut aksonema ( axoneme). Perbedaan aksonema dengan pola mikrotubula yang ditemukan pada badan basal dan sentriol akan dijelaskan lebih lanjut pada artikel dibawah ini. Dalam irisan silang, silia diikat oleh membran (yang merupakan perluasan  dari membran sel) dan dalam matriks sitoplasmanya terdapat sembilan pasang mikrotubula yang berfusi. Kesembilan pasang mikrotubula itu tersusun di sepanjang bagian tepi, sedangakan dua mikrotubula yang terpisah ada ditengah-tengah. Susunan “9+2” tampaknya merupakan ciri universal silia dan flagela. Denyut silia tampaknya berasal dari dalam silia sendiri dan mungkin melibatkan proses peluncuran tubula-tubula silia.
Badan basal (granual) tempat silia tertambat menunjukkan struktur irisan silang yang sedikit berbeda. Dalam badan basal, terdapat sembilan tubula triplet yang terdistribusi di bagian pinggir, sedangkan tidak ada mikrotubula sentral. Dalam setiap triplet mikrotubula, ada mikrotubula sentral yang lengkap tetapi mikrotubula sentral itu memiliki lapisan tepi sebelah dalam yang sama dengan mikrotubula yang bersebelahan.  Silia (atau flagelata) yang tumbuh dari badan basal memiliki elemen-elemen yang bersambung-sambungan dengan elemen-elemen badan basal. Akan tetapi, doublet pada silia terbentuk sebagai perpanjangan dari dua diantara tiga mikrotubula yang terdapat pada triplet badan basal. Badan basal tampaknya mengendalikan perkembangan struktur mikrotubular pada silia. Akan tetapi kedua tubula tunggal di bagian tengah aksonema mungkin berasal dari ujung silia sebab tidak ada mikrotubula sentral dalam granula basal.

Sentriol yang terdapat tepat diatas membran nukleus pada kebanyakan sel hewan, memiliki struktur mikrotubular yang sama (9+0) dengan badan basal. Ada bukti-bukti bahwa kedua struktur tersebut dapat saling menggantikan. Dalam sejumlah sel sperma, struktur yang awalnya adalah sentriol dapat bermigrasi ke bagian tepi dan lalu memainkan peran sebagai badan basal. Sentriol umumnya terdapat sebagai pasangan yang membentuk sudut siku-siku satu sama lain. Sentriol biasanya berada di daerah sitoplasma yang dikenal sebagai sentrosom, sebuah daerah yang kaya akan mikrotubula yang memancar ke berbagai daerah.